John M. Jacobsen startet i filmbransjen 15 år gammel som dørvakt og programansvarlig for en velkino i Oslos utkant. Han avbrøt skolegangen som 17-åring for å begynne på lageret til Universal Pictures kontor i Oslo.
Gjennom en lang karriere som involverte filmimport og oppbygning av en gryende videobransje, er Jacobsen først og fremst kjent som en betydelig produsent. Siden debuten Prima Veras saga om Olav den Hellige i 1983, etterfulgt av Hard Asfalt (1986) og Veiviseren (1987) har Jacobsen produsert over 40 titler, over 4 tiår. I 1988 etablerte han det norske datterselskapet til Svensk Filmindustri, SF Norge AS, som raskt ble landet største distribusjonsselskap, før han i 1996 konsentrerte seg fullt og helt om filmproduksjon. I 1997 laget Jacobsen Norgeshistoriens første helaften tegnefilm Solan, Ludvig og Gurin med Reverompa og har i alt produsert fire helaftens animasjonsfilmer og over 50 animerte TV-episoder om Elias, den lille redningsskøyta og Blekkulf, førstnevnte ble nominert til Emmy. Han har også vært en pådriver for å ta i bruk CGI teknologi i norsk film bl.a. i den legendariske Jakten på Nyresteinen (1986) og ikke minst i fjorårets Vikingulven som endte opp på Netflix’ internasjonale 10-på-topp liste over deres mest sette ikke-engelskspråklige filmer.
Jacobsens filmer har vært nominert til både Oscar og International Emmy og de har vunnet både Amanda, Kanonprisen og Gullruten. Selv er han tildelt Æres Amanda, Kinosjefforbundets Gullstrimmelen, Film & Kinos pris Framtidens Kino og Kommunale Kinematografers ærespris Aamot-statuetten. Hans produksjon Max Manus (2008) med 1,2 millioner solgte billetter er den største norske publikumssuksess i moderne tid, og TV-serien Kampen om Tungtvannet (2015) er den mest sette dramaproduksjon i norsk TV-historie med 1.8 millioner seere i snitt pr. episode.
John M. Jacobsen er utnevnt til Kommandør av St. Olavs orden for sitt arbeid for norsk film.